制药废水处理从原理上分为物理、化学和生物方法。物理法和化学法一般用作废水的预处理，用作去除大部分悬浮物和不溶性物质，减少后续处理符合。同时还能从中回收有利用价值的物质。例如膜分离法可以从废水中回收金霉素，该方法即减少了废水中的洁霉素对微生物的抑制作用，又可以回收金霉素，增加了企业的经济效益和社会效益。生化处理技术是制药废水处理的重点，是一种深度处理工艺。

　　由于制药废水具有成分复杂、COD高且难降解的特点，采用厌氧和好氧结合的方法，提高废水的可生化能力后，对废水进行深度处理，具有高效、稳点，耐冲击强的特点，能使废水水质达到排放标准。